内蒙古双奇药业股份有限公司成立于1996年。股东有内蒙古轻工科研所、深圳碧轩房地产开发有限公司、香港（中国）万泽投资有限公司、内蒙古盐业公司等共七家。由内蒙古轻工科研所控股。公司总股本6892万元。公司是以开发、生产、销售微生态制剂为主导方向的高科技生物制药企业。2001年成为国家重点高技术产业化示范企业。2002年被国家科技部认定为国家火炬计划高新技术企业。
公司占地面积47.6亩，建有GMP标准厂房5100㎡，科研及行政办公楼4000㎡。总资产1.2亿元，现有员工160名，大专以上学历者占70%以上；员工实行全员合同制。公司下设生产部、质保部、销售部、项目部等12个职能部门，办公实现自动化，应用先进的信息技术开通企业内部局域网建立管理信息平台，实现信息共享。科学系统的管理机制，高素质的员工队伍使双奇药业不断发展壮大。
2000年公司按GMP标准对厂房、设备等实施改造，分别从美国、日本、德国等购进具有国际先进水平的生产设备，建立了符合GMP标准的菌粉车间、制剂车间、动物实验中心、微生物实验室，完善了对生产全过程跟踪监控的质量监督保证体系。2001年6月公司片剂车间通过中华人民共和国药品GMP认证，这是呼和浩特市首家通过GMP认证的药品生产企业，2001年底公司新建硬胶囊剂车间，并于2002年5月通过中华人民共和国药品GMP认证。双奇药业跻身整厂通过GMP认证的药品生产企业行列。
公司的主导产品--金双歧，是国家科委重点攻关项目，是科研人员历经十载，潜心研究，克服重重困难，突破技术难点研制成功的国家一类新药。其通用名为双歧三联活菌片，是由长双歧杆菌、保加利亚乳杆菌、嗜热链球菌组成的具有国际先进水平的微生态活菌制剂，系内蒙古自治区唯一的国家一类新药。本品具有几个突出的特点：特有的三菌结合，具有良好的协同作用；活菌数高，疗效确切；片剂型，稳定性好；安全无毒副作用。它能通过直接补充人体正常的生理性细菌，自然调整和维持肠道菌群的生态平衡，抑制肠道中对人具有潜在危害的菌类。金双歧主要治疗肠道菌群失调引起的腹泻，也可用于慢性腹泻及便秘或抗生素治疗无效的腹泻。
全国著名营养学家于若木称金双歧为"人类健康的自卫军"；全国人大常委会委员长吴阶平为金双歧亲笔题字"调节胃肠，维护健康"。本品1994年获国家新产品奖，并被列入国家级"火炬计划"；1995年获内蒙古自治区科技进步一等奖；1997年获卫生部颁发的国家一类新药证书；1998年获国家药监局正式生产批文；1998年列入国家重点工业性试验项目；1999年获内蒙古自治区科技进步二等奖；2000年被国务院五部委联合评为国家重点新产品，同年荣获呼和浩特市科教兴市效益一等奖；2001年通过国家药监局GMP认证管理中心的验收。
质量与信誉同在，双奇药业历年被评为自治区级文明单位和纳税先进单位。双奇人正以自己的信念创造着双奇药业的明天。
1999年公司在深圳组建销售公司，负责全国销售网络的建立与管理。把经系统化培训的、高素质的营销管理人员派往全国各地，在全国主要大中城市设立了30多个办事处，构建起网络化的销售管理体系和完善的营销服务体系。2001年公司控股深圳万泽医药连锁有限责任公司。该公司已建立健全了一整套药品进、销、存、配、批、结等工作流程。通过广东省药监局组织的GSP合格验收，正在争取通过国家药监局组织的GSP认证。同时该公司已经国家药监局批准成为具有跨省经营资格的药品零售连锁经营企业。兼并控股深圳万泽为双奇药业经营范围的拓展提供了广阔的空间。为了加快双奇药业公司的发展步伐，经公司股东会、董事会批准。从2001年初开始运作公司的股票上市工作。经过公司领导、业务部门、咨询机构的共同努力。2001年8月公司正式进入为期一年的上市辅导期。
管理出效益，开发出成果。公司在新产品开发上坚持"三高一特"即以高科技含量，高附加值，高市场容量和疗效独特的新产品作为开发方向。公司自成立以来，投入大量的人力、物力、财力与高等院校和科研院所合作开发研制后续品种，已经取得了一定的成果。
第一，2001年公司从大连医科大学微生态研究所购得国家四类新生物制品乳杆菌活菌胶囊。该药用于治疗由菌群紊乱引起的细菌性阴道炎。引进后完成了德氏乳杆菌的培养基组成、培养条件、菌体回收及冻干工艺条件放大试验，德氏乳杆菌活菌胶囊配方、混料、填充、抛光、硬铝包装工艺研究。目前该胶囊生产线的GMP认证工作已正式启动。
第二，自治区重点攻关项目--嗜酸乳杆
